中央空调通风系统的通风管道、末端设备、连接件等长期处于封闭阴暗状态，空气中的杂质、灰尘、细菌、病毒进入空调内部后，经日积月累，粘附着大量污垢、与人们肉眼看不到孳生其中的大量各种病菌。必须定期对中央空调通风系统清洗消毒。清洗过程应符合卫生部（WS/T 396-2012）《公共场所集中空调通风系统清洗消毒规范》。
中央空调系统清洗消毒主要包括：通风管道清洗消毒简称为风道清洗或者风管清洗、通风管道清洗、末端设备的清洗消毒、中央空调附件清洗消毒、
通风管道清洗包括：送风管道清洗消毒、回风管道清洗消毒、补充新风管道清洗消毒、各种风阀、消声器静压箱等清洗消毒。
空调机组清洗消毒包括：中央空调新风机组清洗消毒、空调处理机组新风段清洗消毒、回风段清洗消毒、混风段清洗消毒、过滤段清洗消毒、加湿段清洗消毒、表冷器段清洗消毒、加热器段清洗消毒等所有段体的清洗消毒。
中央空调末端设备的清洗消毒包括：风机盘管清洗消毒、送回风口清洗消毒、新风口清洗消毒、各种通风系统的过滤网清洗消毒等。
集中空调通风系统需要清洗并消毒时，应遵循先清洗后消毒的原则，也就是说先进行系统或者部件的清洗，达到相应的卫生要求后再进行消毒处理。