风机盘管清洗施工大多数情况下在吊顶内工作，宜做好室内物品保护，优先采用流水作业；风机盘管的清洗主要是清洗翅片、过滤网、冷凝水盘、风机、送回风短管道等。
风机盘管清洗消毒方式可分干式清洗和湿式清洗。拆下风机盘管的电机和风箱，移至室外或专用清洗区域后，用尼龙刷（或棕刷）先清洁表面，然后制定一定比例的翅片清洗剂水溶液（稀释程度参照清洗剂包装规定），用喷壶将溶液喷向电机风箱和翅片表面， 待溶解3 ～ 5 分钟后，改清水用高压水枪冲洗即可，冲洗时保护好电机。
风机盘管的送回风管道清洗与消毒应参考通风管道清洗消毒要求。保持负压，控制敏感的异味，不可出现尘土飞扬的情况，清洗过程中清除的污染物必须收集起来妥善处理。
风机盘管接水盘清洗后应放置杀菌灭澡片进行消毒，也可以对各部件清洗完毕后，进行喷雾消毒，待其晾干后应用数码相机对风机盘管进行拍照，留做竣工报告的依据。